Per l’attuazione di alcuni progetti di sviluppo e di emergenza in campo sanitario, l’Afmal collabora con varie Istituzioni e Associazioni in ambiti diversi: con l’Aeronatica Militare per la realizzazione del progetto “ridare la luce”; con Operation Smile per l’esecuzione di operazioni chirurgiche maxillo-facciali nei Paesi in via di sviluppo; con la Fondazione Rita Levi Montalcini per la formazione sanitaria delle donne africane presso alcuni centri Fatebenefratelli presenti in Africa.